根尾川（ねおがわ）は、岐阜県を流れる木曽川水系の一級河川。
岐阜県と福井県との境・能郷白山を水源とする根尾西谷川と、左門岳を水源とする根尾東谷川が、旧・根尾村の中心地であった樽見地区で合流して根尾川となる。根尾川の源流というべき起点は、根尾西谷川の本巣市根尾大字黒津字コハ谷678番地と定められている。本巣市から揖斐郡揖斐川町、大野町を流れ、大野町下座倉付近で揖斐川に合流する。
かつては、大野町以北は根尾川、大野町以南では藪川と呼ばれていたが、旧・建設省（現・国土交通省）が一級河川の指定の際、根尾川に統一した。今でも年配者ほど藪川の名を用いる。
かつての本流は、現在の糸貫川にあたる。1530年（享禄3年）、根尾川に大洪水が起こり、現在の本巣市山口にて根尾川が土砂で埋まってしまう。そのため、水の流れはここから西へと向かい、現在の根尾川になったという。席田用水は、かつての根尾川を改修して造られた用水路である。
根尾川にほぼ並行して樽見鉄道が走っており、織部駅から樽見駅にかけての間は根尾川の流れを見ることができるポイントが多い。流域はアユ釣りが盛んであり、観光梁（やな）が多くある。
根尾川が削った上流部の谷を根尾谷と呼ぶ。旧・根尾村には濃尾地震の震源断層である根尾谷断層があり、その際の横ずれや断層崖などの変動地形が保存されている。
根尾東谷川上流の上大須には中部電力の奥美濃水力発電所があり、150万キロワットの出力は同社の水力発電所として最大の規模である。