水門川（すいもんがわ）は、岐阜県の主に大垣市を流れる河川。木曽三川の木曽川水系の支流である。名称は、1653年（承応2年）に作られた「川口村水門」に由来する。
岐阜県大垣市笠縫町付近に源を発し、大垣市街を大垣城に沿うように流れる。大垣市内の中之江川などの中小河川、排水路を合わせ、安八郡輪之内町塩喰で揖斐川の支流である牧田川に合流する。
水門川は、1635年（寛永12年）大垣藩主として大垣城に入城した戸田氏鉄により大垣城の外堀として築かれた。水門川は、大垣城の外堀のみならず、揖斐川を介して大垣船町と桑名宿を結ぶ船運の運河の役割を持っていた。松尾芭蕉の奥の細道のむすびの地は大垣船町であり、芭蕉は船町から水門川を船で下り、桑名宿へ向かい江戸に戻っている。現在でも水門川の一部を大垣運河と呼ぶ場合があり、川湊であった船町港には住吉灯台も残っている。
大垣駅東の愛宕神社から船町の奥の細道むすびの地までの約2.2kmは水門川遊歩道四季の路として整備されている。船町にある船町公園は桜の名所として有名である。
水門川では2003年（平成15年）より観光客の集客を目的とした「たらい舟川下り」（約1km）が毎年、日時を限定して行われている。水門川には1600年（慶長5年）大垣城落城の際、城壁から松をつたい、濠に浮かべたたらい舟に乗って石田方の武将山田去暦と家族が城外に脱出したという伝承（『おあむ物語』より）がある。