牟岐町西又を流れることから、別名西又川とも呼ばれている。河口に牟岐港があり、下流は俗に大川という。 国鉄牟岐線および国道55号は下流と支流の橘川沿いに通じる。牟岐川沿いに海部川中流に通じる徳島県道37号牟岐海南線が延びる。