釧路郡釧路町の岩保木地点からは、人工河川である「新釧路川」となり、釧路市釧路港の東港区と西港区の間から太平洋に注ぐ。
釧路川は釧路港に大量の土砂を運び込み、たびたび洪水も起こしていたため、1931年に岩保木水門から分水路を開削し、これを「新釧路川」とした。1967年に一級河川の指定を受けた際分水路を幹川と認定したため、北海道開発局が管理することとなった分水路を「釧路川（新水路部）」とし、引き続き北海道の管理下に置かれたかつての下流部を「旧釧路川」とする名称変更を行った。しかし釧路市民は慣れ親しんだ釧路川に「旧」の烙印を押されることに不満を抱き、長年に渡って名称復帰を訴え、その結果2001年4月5日に国土交通大臣の告示により、それぞれ「新釧路川」「釧路川」の名称に戻された。幹川は引き続き「新釧路川」である。